1963 жылы Батыс Қазақстан ауылшаруашылық институтының ашылу барысында доцент Р.Х.Мясоутовтың жетекшілік етуімен «Агроэкономикалық факультет» қызмет ете бастады. 1965 жылы «Агрономия» факультеті өз алдына бөлініп шығып, оны бастапқыда доцент Алексей Конкин басқарды. Факультет ауыл шаруашылығының агрономия саласына жоғары білікті мамандар даярлау бойынша өңірдегі жалғыз білім және ғылым орталығы болды.
Агрономия факультетінің қалыптасу жылдары тың және тыңайған жерлер жыртылғаннан кейінгі Қазақстанның ауыл шаруашылығында егін шаруашылығының аймақтық жүйесінің ғылыми негіздерін одан әрі дамыту мен оны өндіріске жедел енгізу қажеттілігі туындады. Сондықтан жоғары білікті мамандар даярлау мен ғылыми қызметті күшейту қажеттілігі республика экономикасын дамыту міндеттерімен ұштасты.
Факультеттің қалыптасуы мен дамуына кезінде Ресейдің Саратов, Волгоград, Орынбор қалаларының жоғары оқу орындарын бітірген декан, доцент болып қызмет атқарған В.Н.Слесарев, В.П.Согуренко, В.Ф.Рябошкапов, Н.В.Саввина, А.Я.Бакалдиндер бар күш-жігері мен білімін, тәжірибесін қызмет барысында пайдалана білді. 2000 жылдан Батыс Қазақстан мемлекеттік университетінің құрамында жаңа мамандықтардың ашылуына, студенттер санының көбеюіне байланысты факультет «Агробизнес және экология» атауына ие болып, доцент М.Ә.Ғабдолов факультетке жетекшілік етті.
2007-2008 оқу жылында «Агробизнес және экология» факультетін магистратура мамандықтары бойынша И.М.Фетисов, Э.Э.Браун, С.Ж.Рахимғалиева, М.А.Габдолов, Т.А.Тұрғанбаев, Т.А.Бөлековтардың жетекшілігімен алғашқы түлектер аяқтады. 2007 жылдан бастап Жәңгір хан атындағы Батыс Қазақстан аграрлық-техникалық университетінің құрамынан жалпы биология мамандықтарын біріктіру мақсатында «Ветеринария және агробиотехнология» факультеті құрылып, факультет деканы болып ветеринария ғылымдарының докторы Қ.Ж.Кушалиев тағайындалды. 2009 жылдан бастап басқару құрылымын жүйелендіруге және студенттер контингентінің ұлғаюына байланысты факультет өз алдына дербес бөлініп шығып, «Агрономия» факультеті атауын иеленді. Факультет деканы лауазымына ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаты, доцент С.Ж.Рахимғалиева тағайындалды. 2015-2017 жылдары факультетке ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаты, доцент Д.К.Төлегенова жетекшілік етті. 2017-2019 жылдары факультетті ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаты, факультет деканы А.С.Тлепов басқарды. 2019 жылдан бері факультет «Агротехнологиялық институт» деп аталады. Институтқа техника ғылымдарының кандидаты, доцент М.Қ.Оңаев басшылық етуде.
Қазіргі уақытта институт 11 мамандық бойынша бакалавр, 5 мамандық бойынша магистрлер дайындауда. Институтта 51 оқытушы – 2 ғылым докторы, 24 ғылым кандидаты және PhD докторы, 24 магистр қызмет етуде. Ғылыми-педагогикалық кадрлардың ғылыми дәрежелену көрсеткішінің жоғарылығы ұжым үшін оның қалыптасуының барлық кезеңіндегі дәстүрге айналды. Агротехнологиялық институтының ғылым докторлары: Вьюрков Василий Викторович, Насиев Бейбіт Нәсиұлы.