«Балық шаруашылығы» білім беру тобының тарихы 2001 жылдан басталады, ол кезде 5 жыл оқу мерзімімен «Ихтиология, өнеркәсіптік балық аулау және балық шаруашылығы» жаңа мамандығына алғашқы қабылдау жүзеге асырылды. Жоғары білім беру жүйесінің үш деңгейлі кадрлар даярлауға көшуіне байланысты: бакалавриат – магистратура – докторантура ихтиологтармен бір мезгілде университетте оқу мерзімі 4 жыл болатын 5В08400 – «Балық шаруашылығы» білім беру бағдарламасы бойынша ауыл шаруашылығы бакалаврларын даярлау жүзеге асырылды.
Білім алушыларды даярлауды «Мал шаруашылығы өнімдерін өндіру технологиясы» кафедрасы жүзеге асырды. Кафедра меңгерушілері а.ш.ғ.к., доцент Е.Ғ. Насамбаев (2000-2003 жж.), а.ш.ғ.к., доцент Н.М. Губашев (2003-2004 жж.) болды.
2004 жылы кафедра «Биотехнология және мал шаруашылығы» кафедрасы болып өзгертілді, ал 2006 жылы «Аквакультура және су биоресурстары» кафедрасы болды. Кафедра меңгерушісі а.ш.ғ.к., доцент Н.М.Губашев болды.
2007 жылы екі кафедраны біріктіру арқылы «Биотехнология, мал және балық шаруашылығы» кафедрасы құрылды. Кафедра меңгерушісі болып а.ш.ғ.к., доцент Е.Ғ. Насамбаев, кафедра меңгерушісінің орынбасары – а.ш.ғ.к., доцент м.а М.Ж. Шүкіров тағайындалды. Әр жылдары аталған кафедраға а.ш.ғ.к., доцент К.Ғ. Есенғалиев жетекшілік етті (2008-2010 жж және 2018-2019 жж); а.ш.ғ.к., доцент м.а Ахметалиева А.Б. (2013 – 2018 жж) басқарды.
Кафедра мал шаруашылығының, биотехнологияның, балық шаруашылығының жоғары білікті мамандарын дайындады, олар үлкен ғылыми жетістіктерге қол жеткізді, бұл кафедра оқытушылары өткізетін дәрістік және зертханалық-практикалық сабақтардың жоғары оқу-әдістемелік деңгейін дәлелдейді. Олардың қатарында профессор Қ.Қ. Бозымов, академик Х.И. Үкібаев, профессорлар: Е.Ғ. Насамбаев, Б.Б. Траисов, А.Д. Дарбаев, Н.М. Губашев, доценттер: А.З. Зинуллин, Б.Д. Қоғабаев, Б.Т. Төлебаев, К.Г.Есенгалиев, Е.Т.Усиев, Ж.Х.Машанов, доцент м.а: Р.С.Садықов, М.Ж.Шүкiров, А.Б. Ахметалиева, С.М. Жұмағазиева, аға оқытушылар: А.Н. Түменов, Б.Т. Сариев, Ж.Ғ. Мыңжасарова, А.М.Давлетова, А.Н. Қожахметова және т.б.
2019 жылы «Биотехнология, мал және балық шаруашылығы» кафедрасы «Мал шаруашылығы өнімдерін өндіру технологиясы» жоғары мектебі болып өзгертілді. Жоғары мектептің жетекшісі а.ш.ғ.к., доцент К.Ғ. Есенғалиев (2019-2020 жж.), а.ш.ғ.к., доцент м.а М.Ж. Шүкіров (2020-2021 жж.), PhD, доцент м.а Д.Б. Смағұлов (2021 ж.) болды. Осы жылдың қыркүйек айында «Экология және биоресурстар» жоғары мектебі құрылып, екі деңгейдегі бағыт бакалавр және магистратураның «Экология», «Өндірістік экология», «Балық шаруашылығы және өнеркәсіптік балық аулау», «Аквакультура және су биоресурстары» мамандықтары бойынша маман дайындады. Жоғары мектеп жетекшісінің міндетін атқарушы болып а.ш.ғ.к., доцент м.а. М.Ж.Шукуров тағайындалды. 2020 жылдың қаңтар-қыркүйек аралығында жоғары мектепті б.ғ.к., доцент Мурзашев Т.К., ал 2020 жылдың қыркүйегінен бастап а.ш.ғ.к., доцент м.а. Шукуров М.Ж жетекші болды. 2021 жылы «Мал шаруашлығы өнімдерін өндіру технологиясы» және «Экология және биоресурстар» жоғары мектептері қосылып «Мал шаруашылығы және биоресурстар» жаңа жоғары мектеп құрылды. Жетекшісі болып ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаты, доцент м.а. Шукуров Марклен Жексенович тағайындалды.
«Мал шаруашылығы және биоресурстар» жоғары мектебінде бакалавр және магистратура 6В08200/7М08200 -«Мал шаруашылығы өнімдерін өндіру технологиясы», 6В05200/7М05200/210/-«Өнеркәсіптік экология», 6В08400/7М08400/410-«Аквакультура және су биоресурстары» мамандықтары бойынша, ал докторантура (PhD) 8D08200 – «Мал шаруашылығы өнімдерін өндіру технологиясы» білім беру бағдарламасы бойынша мамандар дайындады.
«Мал шаруашылығы және биоресурстар» жоғары мектебінде педагоикалық және ғылыми деңгейде профессор-оқытушыларымыз қызмет атқарды: а.ш.ғ.д., профессор Бозымов К.К., а.ш.ғ.д., профессор Траисов Б.Б., а.ш.ғ.д., профессор Насамбаев Е.Г., а.ш.ғ.д., доцент Есенгалиев К.Г., а.ш.ғ.д., доцент Губашев Н.М., б.ғ.д, қауымдастырылған профессор Бейшова И.С., б.ғ.к., доцент Мурзашев Т.К.;ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаттары: Абуғалиев С.Қ., Шәмшідін Ә.С., Шукуров М.Ж., Губашева Б.Е., Булекова А.А., Ахметалиева А.Б., Касимова Г.В., Батыргалиев Е.А., PhD докторы: Гумарова Ж.М., Смагулов Д.Б., Сариев Б.Т., Туменов А.Н., Нугманова А.Е., магистрлар: Давлетова А.М., Каиргалиева Г.З., Сунғатқызы С., Аккереева Э.К., Кожахметова А.Н., Габдуллина А.Т., Шарафиева Ж.Р., Дуимбаев Д.А., Досжанова А.О.
Оқу процесін ұйымдастыруда үлкен жұмысты көмекші персонал жүзеге асырады: аға зертханашы, магистр Ескайрова Н.Н., зертханашы Иржанова Д.Б., Сонымен қатар білім алушылардың практикалық бағытына жетекшілік жасауда өндірістік оқыту шебері, магистр, аспирант Махимова Ж. Н. Искиндирова М.С.
Жоғары мектеп ұжымымен ҚР БҒМ ЖСШ ШЖМ және МФ ғылыми жобалары іске асырылды, олардың нәтижелері бойынша ғылыми мақалалар, монографиялар жарияланды, өнертабысқа патенттер алынды және өндіріске енгізілді. Қазақтың ақбас ірі қара тұқымының, Ақжайық ет-жүнді қой тұқымының ішкі тұқымдық түрлері, жасанды жағдайда бекіре балықтарының бірегей коллекциясы және ара өсіру бойынша модельдік омарта жасалды. Оқу-әдістемелік және оқу құралдары әзірленді, олар сынақтан өткізіліп, оқу процесінде кеңінен қолданылады.
Жыл сайын жоғарыда аталған мамандықтардың студенттері Республикалық пәндік олимпиадаға және студенттік жұмыстардың ғылыми конкурсына қатысады.
2024 жылдың қыркүйегінен бастап 6В08400/7М08400/410- «Аквакультура және су биоресурстары» білім беру бағдарламалары «Ветеринария және агротехнология» институтының құрамына кірді.
Жоғары мектептің ғылыми-педагогикалық әлеуеті шешімдер қабылдауға дайын, бәсекеге қабілетті, отандық және шетелдік компаниялардың жұмыс берушілерінде жоғары сұранысқа ие, шығармашылық, тәрбиелі, білімді, жетілген маман дайындауға мүмкіндік береді.