Негізгі ақпарат
Жоба / бағдарлама тақырыбының атауы: AP19577616 «Отандық жылқы тұқымдарының тұқымға тән белгілерін ресеквенирлеу және транскриптомдық талдау әдісімен зерттеу»
Өтінім берілген ғылымды дамытудың басым бағытының атауы: 6. Өмір және денсаулық туралы ғылымдар
Зерттеудің мамандандырылған ғылыми бағытының атауы: 6.2 Ауыл шаруашылығындағы өсімдіктер сорттарының және жануарлар тұқымдарының өнімділігі мен төзімділігін арттыруға арналған инновациялық биологиялық зерттеулер.
Жобаның/бағдарламаның ғылыми жетекшісі: Бейшова И.С., биология ғылымдарының профессоры, қауымдастырылған профессор
Іске асыру кезеңі, оның ұзақтығы айларда. 1.02.2023-31.12.2025 ж., 35 ай
Қаржыландырудың жалпы көлемі және жылдар бойынша: 75 000,00 мың тг,
2023 жыл – 25 000,00мың тг;
2024 жыл – 25 000,00 мың тг;
2025 жыл – 25 000,00 мың тг.
Зерттеу, әзірлеу немесе жобалау нысандары: Отандық жылқы тұқымдары (мұғалжар, көшім, қазақ тұқымы: жабы, найман және адай типтері)
Жобаның / бағдарламаның мақсаты: Отандық жылқы тұқымдарының (мұғалжар, көшім, қазақ тұқымы: жабы, найман және адай типтері) толық геномын ресеквенирлеу, іріктеу қысымымен нақты генетикалық нұсқаларды анықтау және жануарлардың генетикалық әлеуетін арттыру, олардың асыл тұқымдық құндылығын ерте болжау, генетикалық ресурстарды сақтау және жетілдіру үшін геномның ерекше аймақтарын іздеуді жүргізу.
1. Отандық жылқы тұқымдарының зерттелетін топтарының іріктемесін қалыптастыру
2. Толық геномды ресеквенирлеу және оның биоинформатикалық талдауын жүргізу
3. Отандық жылқы тұқымдарының геномдарындағы гетерозиготалылықтың таралуын басқа жылқы тұқымдармен салыстыру
4. Зерттелетін отандық жылқы тұқымдары топтарының геномындағы бір нуклеотидті полиморфизмдерді (SNP), қойылымдарды/делецияларды (INDEL), көшірме санының вариацияларын (CNV), құрылымдық вариацияларды (SV) анықтау
5. Белгілі бір фенотипке жауап беретін геном тізбегінің мүмкін функционалды нұсқаларын анықтау
6. Бірегей немесе спецификалық генетикалық нұсқаларды анықтау және отандық жылқы тұқымдарының геномдық вариацияларының дерекқорын жасау
7. Әртүрлі отандық жылқы тұқымдарында бірегей miRNA транскрипция бейіндерін анықтау
8. Отандық жылқы тұқымдарының генетикалық әлеуетін бағалау, олардың асыл тұқымдық құндылығын ерте болжау, генетикалық ресурстарды сақтау және жетілдіру бойынша ұсыным әзірлеу
Отандық жылқы тұқымдарының толық геномының ресеквенирлеуі және биоинформатикалық талдауы жүргізілді. Отандық жылқы тұқымдарының геномындағы гетерозиготтылықтың таралуы басқа тұқымдармен салыстырылды. Отандық жылқы тұқымдарының зерттелген топтарының геномында бірнуклеотидті полиморфизмдер (SNP), инсерциялар/делециялар (INDEL), көшірме санының вариациялары (CNV), құрылымдық вариациялар (SV) анықталды. Белгілі бір фенотипке жауапты болуы мүмкін геномдық тізбектің функционалдық нұсқалары белгіленді. Отандық тұқымдардың гетерозиготтылық таралуы геномның әртүрлі аймақтарында көбірек өзгермелі екені, ал шетелдік тұқымдарда гетерозиготтылық біркелкі таралғаны анықталды. Фенотиптік ерекшеліктер мен жылқылардың денсаулығындағы айырмашылықтармен байланысты болуы мүмкін SNP, INDEL, CNV және SV анықталды. Отандық жылқы тұқымдарының геномдарындағы генетикалық нұсқаларды талдау бұрыннан белгілі және жаңа мутациялардың айтарлықтай мөлшерін анықтады. Бұл нұсқалар өсу, даму, иммундық жауап және метаболизмді қоса алғанда, әртүрлі биологиялық процестерге әсер етеді. Анықталған SNP, INDEL және құрылымдық вариациялар селекциялық бағдарламаларды жақсартуға және жануарлардың ауруларға төзімділігін арттыруға қолданылуы мүмкін.
Жобаны іске асыру нәтижесінде:
– отандық жылқы тұқымдарының зерттелетін топтарының іріктемесі қалыптастырылады
– толық геномды қайта ресеквенирлеу және оның биоинформатикалық талдауы жүргізіледі
– отандық жылқы тұқымдарының геномдарындағы гетерозиготалылықтың таралуын басқа тұқымдармен салыстыру жүргізіледі
– отандық жылқы тұқымдарының зерттелетін топтарының геномындағы бір нуклеотидті полиморфизмдер (SNP), қойылымдарды/делецияларды (INDEL), көшірме санының вариациялары (CNV), құрылымдық вариациялар (SV) анықталады
– белгілі бір фенотипке жауап беретін геном тізбегінің мүмкін функционалды нұсқалары анықталады
– бірегей немесе спецификалық генетикалық нұсқалар анықталады және отандық жылқы тұқымдарының геномдық вариацияларының дерекқоры жасалады
– әр түрлі отандық жылқы тұқымдарында бірегей miRNA транскрипция бейіндері анықталады
– отандық жылқы тұқымдарының генетикалық әлеуетін бағалау, олардың асыл тұқымдық құндылығын ерте болжау, генетикалық ресурстарды сақтау және жетілдіру бойынша ұсыныс әзірленеді.
Енгізу дәрежесі: Аталмыш зерттеулер асыл тұқымдық жұмысты жоспарлау және жылқылардың отандық тұқымдарын өсіру мақсатында әлеуетті әзірлемелер дайындауға мүмкіндік береді.
1. Бейшова И.С., Шәмшідін Ә.С, Кужебаева У.Ж., Ульянов В.А., Ульянова Т.В., Бекова Г.С., Салимова Д.К. Формирование выборки и отбор отечественных пород лошадей для проведения полногеномного ресеквенирования / Научно-практический журнал ЗКАТУ имени Жангир хана «Ғылым және Білім». – 2024. – №3-2 (76). – С.140-149. DOI 10.52578/2305-9397-2024-3-2-140-149