Ғылым басқармасы – Жәңгір хан атындағы БҚАТУдың құрылымдық бөлімі, университетте жүргізілетін ғылыми зерттеулердің басым және мамандандырылған ғылыми бағыттарын үйлестіреді және басқарады, сонымен қатар студенттер, магистранттар, докторанттар және оқытушы-профессорлық құрамның ғылыми-зерттеу қызметін ұйымдастырады.
Ғылым басқармасы өз қызметінде Қазақстан Республикасының заңнамалық және нормативтік актілерін, ҚР ҒЖБМ, Ғылым комитетінің, университет ректорының бұйрықтарын, Жәңгір хан атындағы БҚАТУ Жарғысын басшылыққа алады.
Ғылым басқармасы қызметінің мақсаты – Жәңгір хан атындағы БҚАТУ-дың ғылыми және зияткерлік әлеуетін барынша толық пайдалануға ықпал ету, ғылыми-зерттеу қызметін кешенді дамыту, ғылыми ақпаратты әзірлеуді, талдауды және таратуды ұйымдастыру, білім алушылардың ғылыми-зерттеу жұмыстарын ұйымдастыру, сонымен қатар халықаралық ғылыми байланыстарды нығайту болып табылады.