Институт ветеринарной медицины и животноводства, как зооинженерный факультет берет свои истоки с 1963 года. В 1982 году он был преобразован в зооветеринарный факультет. В разные годы факультетом руководили корифеи ветеринарной науки и животноводства: Артемьев Ю.А., Нуралиев М.М., Зубков Г.С., Рустенов А.Р., Аманжолов Б.А., Зинулин А.З., Молдашев Г.К., Ашетов И.К., Таубаев У.Б., Кушалиев К.Ж., Насамбаев Е.Г. Нургалиев Б.Е. возглавлял институтом с 2017 по 2020 годы. С 2020 года по январь 2022 года институт возглавлял Жубантаев И.Н. С 1 февраля 2022 года институтом руководит ассоциированный профессор, к.в.н. Нургалиев Биржан Елубаевич.
Заместителями декана факультета по учебной и воспитательной работе в разные годы были: Ташкинов Н.И., Есенгалиев К.Г., Мурзашев Т.К., Бисенгалиев Р.М., Жубантаев И.Н., Алимбеков Е. Алпысбай, С.А., Сабыржанов А.У. И.М.Абирова, К.Е. Мурзабаев, М.Ж. Шукуров, Ф.Б. Закирова.
У истоков становления института стояли такие ученые, как Сатканов Э.Т., Петровская В.А., Горюнов В.И., Карасаев А.А., Кудряков К.Г., Аверьянов Г.А., Зубков Г.С., Кирпичев А.Ф., Дарбаев А.Д., Ташкинов Н.И., Беглецов В.Е., Когабаев Б.Д. и др. Неоценимый вклад в развитие института вносят ученые и профессора: Бозымов К.К., Траисов Б.Б., Насамбаев Е.Г., Таубаев У.Б., Тулебаев Б. Т., Есенгалиев К.Г., Шалменов М.Ш., Абсатиров Г.Г., Мурзашев Т.К., Гусманов М.Г. и др.
С 1993 года на базе факультета функционировала аспирантура, где прошли теоретическое обучение и научно-педагогическую подготовку молодые специалисты и ученые, выпускники института ветеринарной медицины и животноводства. В эти годы был создан диссертационный совет по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата сельскохозяйственных наук, в состав которого вошли ведущие ученые, профессора, доктора сельскохозяйственных наук: Бозымов К.К., Траисов Б.Б., Укбаев Х.И., Молдашев Г.К., доцент, к.с.-х.н. Бозымова Р.У., Тулебаев Б. Т., Баяхов А.Н. и др. Председателем совета был профессор, д.с.х.н. Траисов Б.Б. За этот период, выпускниками института: Бисенгалиевым Р.М., Губашевым Н.М., Кажгалиевым Н.Ж., Закировой Ф.Б., Ахметалиевой А.Б., Жубантаевым И.Н., Шукуровым М.Ж. и др. были успешно защищены кандидатские диссертации.
За период с 2010 по 2020 гг. молодые преподаватели и выпускники института ветеринарной медицины и животноводства, отучившись в докторантуре, успешно защитили докторские диссертации (PhD): Кереев А.К., Валиева Ж.М., Какишев М.Г., Душаева Л.Ж., Монтаева Н.С., Нугманова А.Е., Жумаева А.К., Усенов Ж.Т., Карагулов Ә.И., Габдуллин Д.Е., Ищанова А.С., Ертлеуова Б.О., Қожаева А.Р. и другие отучившись в аспирантуре, защитили кандидатские диссертации: Баянтасова С.М., Абирова И.М., Сидихов Б.М, Дарменова А.Г., Сабыржанов А.У., Гинаятов Н.С., Сенгалиев Е.М., Касимова Г.В., Туменов А.Н., Сариев Б.Т., Батыргалиев Е.А., Кадралиева Б.Т.
В 1963 году на базе Западно-Казахстанского сельскохозяйственного института был создан агроэкономический факультет, который возглавил доцент Р.Х.Мясоутов. В 1965 году факультет» Агрономия ” отделился и первоначально возглавил доцент Алексей Конкин. Факультет стал единственным в регионе центром образования и науки по подготовке высококвалифицированных специалистов в области агрономии сельского хозяйства.
В годы становления агрономического факультета после вспашки целинных и залежных земель в сельском хозяйстве Казахстана возникла необходимость дальнейшего развития научных основ региональной системы земледелия и ее оперативного внедрения в производство. Поэтому необходимость подготовки высококвалифицированных специалистов и усиления научной деятельности сопряжена с задачами развития экономики республики.
В связи с увеличением количества аграрных специальностей, начиная с 1966 года, был создан факультет агрономии. Много энергии, знаний и труда в становлении и развитии факультета вложили деканы-доценты В.Н.Слесарев, В.П.Согуренко, В.Ф.Рябошкапов, Н.В.Саввина, А.Я.Бакалдин, окончившие в свое время известные российские ВУЗы Саратова, Волгограда, Оренбурга. С 2000 года в связи с открытием новых специальностей в составе Западно-Казахстанского государственного университета, увеличением числа студентов факультет был переименован на «Агробизнес и экология», руководил факультетом доцент М. А. Габдолов. В 2007-2008 учебном году факультет «Агробизнес и экология ” первые выпускники по специальностям магистратуры под руководством Фетисова И. М., Брауна Э. Э., Рахимгалиевой С. Ж., Габдолова М. А., Турганбаева Т. А., Булекова Т. А. получили свои дипломы.
С 2007 года в Западно-Казахстанском аграрно-техническом университете им.Жангир хана создан факультет «Ветеринария и агробиотехнология» с целью объединения специальностей общей биологии, деканом факультета назначен доктор ветеринарных наук К. Ж. Кушалиев. С 2009 года в связи с систематизацией структуры управления и увеличением контингента студентов факультет самостоятельно отделился и получил название факультета «Агрономия». На должность декана факультета была назначена кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Рахимгалиева С.Ж. В 2015-2017 годах факультет курировала кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Тулегенова Д.К. В 2017-2019 годах факультет возглавлял кандидат сельскохозяйственных наук, декан факультета Тлепов А.С. С 2019 года факультет называют «Агротехнологическим институтом». Институт возглавил кандидат технических наук, доцент М. К. Онаев.
Неоценимый вклад в развитие института внесли ученые и профессора: Габдулов М. А., В. В. Вьюрков, Фетисов И. М., Браун Э. Э., Насиев Б. Н., Тулегенова Д. К., Рахимгалиева С. Ж., Турганбаев Т. А.А. Булеков.
С 2010 по 2024 годы в институте «Агротехнология» прошли обучение в докторантуре, успешно защитили докторские диссертации (PhD) молодые преподаватели и выпускники: Аюпов Е.Е., Нагиева А.Г., Умирзакова Г.А., Асангалиева Ж.Р., Жанаталапов Н.Ж., Беккалиев А.К., М.М. Елекешева, З. Амангельдиевна, обучались в докторантуре, успешно защитили диссертации. Кандидатские диссертации защитили: Л. Т. Калиева, А. К. Кушенбекова, М. С. Тулиева, А. Ж. Оразов, А. С. Мухамедярова.
.